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病毒爆发第56天，末日的阴霾再度浓重地压在幸存者们的心头，丧尸带来的威胁以一种更为恐怖的方式卷土重来。
清晨，宁静被一阵嘈杂打破。原本相对稳定的丧尸群体，突然展现出令人震惊的行为突变。它们开始群体协作，以叠罗汉的方式，竟突破了高达3米的围墙，如同潮水般涌来。不仅如此，丧尸还学会了使用工具，投掷石块的精度提升了37%，给防御的人们带来了极大的困扰。更可怕的是，它们似乎有了趋利避害的意识，能够主动绕过紫外线陷阱，不再像之前那样盲目行动。
科研人员紧急对丧尸脑组织进行切片研究，发现其中竟有新的神经突触再生，疑似朊病毒发生了变异。与此同时，丧尸的腐烂速度减缓，在环境温度32c的条件下，存活期延长至9周。进一步检测还发现，丧尸群体间通过汗液中的十一烷酸激增进行信息素交流，这才使得它们的行动变得如此协调。
面对这一严峻形势，幸存者们迅速升级防御措施。他们架设了次声波驱散装置，频率设定为19hz，虽然耗电量高达4.2kw，但能在一定程度上驱散丧尸群。将除草机改造为旋转刀阵，尽管汽油利用率下降了58%，却成为了近距离抵御丧尸的有力武器。此外，还建立了三级警戒哨，利用无人机监控盲区补位，力求不放过任何一处危险。
然而，更大的危机接踵而至。一种新型感染途径出现，病毒产生了能够空气传播的毒株，飞沫传播的r0值升至1.8，传播速度大幅加快。曾经被寄予厚望的铁锈疫苗，如今却因ade效应导致死亡率飙升至65%，彻底失效。而且，伤口接触感染的时间也急剧缩短至12分钟，稍有不慎，就可能被感染。
方舟基地内，恐慌情绪迅速蔓延，爆发了挤兑性逃亡，承载量超限227%，场面一度失控。黑石商队更是丧心病狂，贩卖假阴性证明，篡改检测试纸，从中谋取暴利。宗教团体也在此时宣扬“净化之火”，煽动众人焚烧疑似感染者，加剧了混乱与悲剧。
在医疗方面，众人不得不重启咽拭子检测法，使用棉签和无菌盐水进行检测。但令人沮丧的是，发现o型血对病毒的抗体效价下降，保护率从82%跌至47%。为了应对感染人数的激增，他们建立了露天隔离舱，充分利用紫外线与通风的优势，试图控制疫情的扩散。
就在众人忙于应对这些危机时，一种更为恐怖的二次变异体——蜕皮者出现了。这种蜕皮者每72小时就会蜕去腐烂表皮，移动速度恢复至常人的85%，行动更加敏捷。它们还学会了伪装，披挂人类衣物，能够通过初步目检，轻易混入人群。唾液腺分泌的麻醉物质，能抑制伤口痛觉，让受害者在不知不觉中陷入绝境。
超市搜救队遭遇了首例蜕皮者的攻击，30%的成员被渗透。蜕皮者似乎知晓人类的弱点，优先攻击医疗人员，企图破坏救治体系。不过，在激烈的对抗中，人们也发现它们惧怕含碘消毒剂，这是因为其甲状腺激素代谢异常。
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